潘懋元更注重的是与学生的互动，在经过一轮的课程教学后，学生要从潘懋元先生提供的话题中选取某个话题进行一个月的自由学习、研究，潘懋元也会随时提供必要的咨询，每位博士生就自己的研究成果在全班进行讲课和答辩，其他博士生展开讨论，潘懋元会就每个学生的讲课内容和教学能力进行全面恰当的点评。
每学期结束，代表着潘懋元又要面对一个庞大的工程——他通常需要花费近三、四个月的时间完成课程作业的批改。这其中的阅读量可能达50万字，潘懋元在阅读学生论文时并非走马观花，而是对每篇论文逐一进行评阅。
潘懋元还为学生们创造一个“精神家园”。这个“家园”，开始于上世纪八十年代，本来只是几个学生在每周六固定来潘先生家里随意聊聊天，进行思想的碰撞。30多年过去，却不自觉地渐渐成为了每周六固定“开场”的学术沙龙。潘先生特殊的人格魅力，沙龙轻松的氛围，让参加沙龙的学生越来越多，学生发言时，潘先生往往手拿一支香烟边抽着边笑眯眯地认真倾听，在精彩处插上一些精到的评论。不过，这里也不乏娱乐活动。世界杯时，大家就索性一起看起球赛，“看球也是一种学习嘛!”潘懋元笑道。
