于是，潘懋元选择了“另立”山头，对高等教育进行专门研究。潘懋元和教育学教研室的几位教师将普通教育学的框架移植到高等教育中，在课程与教学理论等章节改变了研究对象，从而开辟了历史先河:“高等教育学”第一次作为一门独立的课程搬上了我国高校课堂。不过，一系列政治运动，却使得高等教育学科中途“难产”。

　　直到上世纪八十年代，潘懋元已近花甲之年，伴随着改革开放，他又一次能够心无旁骛地继续对高等教育的研究。在他的学生别敦荣看来，潘先生像是一个“领跑者”，把发展中国高等教育学作为他毕生的事业来做。“他带着建设高等教育学的使命感，每个重要的时期都是他在领跑。如果我们现在回头看看，就会发现当时他研究的主题都代表着全国高等教育学最新的课题。” 别敦荣说。

　　为了建立独立的“高等教育”学科，他奔波于各高校之间，做了近百场专题报告。直到1978年5月，我国第一个以高等教育为研究对象的专门机构——厦门大学高等教育科学研究室正式成立。1984年，国务院学位委员会将高等教育学正式列为二级学科。

　　在潘懋元看来，“一潭死水不会有问题，但只要发展，就一定会有问题出现。也因此，对高等教育的批评是好事，最大的问题是我们的思想跟不上这个时代。”

　　也因此，他创造了中国高等教育研究的多个“第一”:包括创建我国第一个高等教育研究机构，他主编的《高等教育学》，是中国第一部公开出版的高等教育学专著，成为这一新学科的理论基础，潘懋元还是我国第一位高等教育学的硕士生和博士生导师。